O incidente de Black Mesa foi causado por um experimento na câmara de teste C/33a, nos laboratórios de testes do Setor C. O intuito do experimento era analisar uma amostra de cristais puros de Xen, encontrados por expedições ao planeta.
A amostra GG-3883 era não só a mais pura, mas também a mais instável que o pessoal do Setor C já havia experimentado. Vendo aí uma oportunidade rara para conseguir informações inestimáveis, eles carregaram o espectrômetro de anti-massa a 105%, muito além da zona de segurança de 90%. Dr. Gordon Freeman foi o cientista responsável por posicionar a amostra para análise. Enquanto Freeman se preparava para o procedimento, um dos operadores da máquina constatou uma pequena discrepância nas leituras, mas considerou isso como "dentro dos parâmetros aceitáveis".
Assim que recebeu a amostra, Freeman procedeu como planejado e a posicionou no aparelho. Assim que a amostra tocou o raio da máquina, uma catastrófica cascata de ressonância começou.
As conseqüências da cascata de ressonância
A cascata teve conseqüências inimagináveis. Além das avarias às instalações, ondas de alienígenas começaram a aparecer no ar, teleportados do planeta natal dos cristais. Lançados em um ambiente alienígena, as criaturas se mostraram altamente agressivas e atacaram todos os seres humanos que encontraram, o que resultou em um número catastrófico de baixas entre os cientistas e o pessoal da segurança.
Em meio ao massacre, três sobreviventes alcançaram a superfície e chamaram os militares para ajudá-los a conter a invasão alien. Os sobreviventes são Dra. Gina Cross, Dra. Colette Green e Dr. Rosenberg. Os militares, representados pela Unidade de Combate em Ambientes Hostis (HECU) chegaram rápido, trazendo tropas, equipamento e veículos, via aviões e trens. Entretanto, além de combater os alienígenas, eles também receberam ordens de silenciar o pessoal de Black Mesa, uma tarefa a qual alguns soldados relutam em cumprir, mas ainda assim, seguem as ordens.
A incursão da HECU nas instalações obteve êxito, de modo que os militares conseguem estabelecer total controle sobre a superfície da base assim como uma boa parte de seu subterrâneo, onde eles conseguem estabelecer alguns postos armados para conter os aliens. Eles ainda capturaram o Dr. Rosenberg, que enviou o pedido de socorro, e trancaram-no em um caminhão para interrogatório.
Enquanto a HECU marcava sua presença no subterrâneo, Dra. Green e Dra. Cross trabalhavam para preparar o foguete lançador de satélites para lançamento, na tentativa de reduzir os efeitos da cascata de ressonância. Entrementes, o lançamento foi cancelado quando alguns soldados capturaram a sala de controle e massacraram seu pessoal.
Barney Calhoun, um mediano guarda de segurança, fez que pôde para sobreviver aos eventos iniciais. Determinado a escapar do complexo em colapso, ele encontra o Dr. Rosenberg graças a conhecimento adquirido de seu colega, que foi fatalmente ferido por tropas da HECU. Com sua ajuda, Rosenberg encontra o antigo e abandonado Laboratório de Teste de Protótipos A-17, usado para experiências com teleporte. Calhoun ajuda o doutor adquirindo alguns componentes essenciais do aparelho, e escapa por pouco com o doutor e seus dois colegas, Walther e Simmons, tão logo a HECU toma as instalações subterrâneas do complexo.
[editar] Agravamento
A batalha entre os soldados da HECU e as forças de invasão de Xen se agrava. Apesar de os militares possuírem o controle das instalações, os aliens se mostram um duro páreo aos soldados, com pesadas baixas em ambos os lados do conflito. Equipamento pesado começa a ser usado, sendo principalmente: tanques pesados M2 Bradley e M1 Abrams, morteiros, caças F16, bombardeios aéreos e bombardeio com artilharia. A base lentamente se torna um verdadeiro campo de guerra.
Enquanto a batalha progride, Freeman lentamente se torna um alvo primário para a HECU,o responsavel para pega-lo foi Adrian shepard(mas só depois que a black ops chegou), já que ele constantemente evita ser capturado e sobrevive a encontros com os militares. Parte disso foi o lançamento do foguete preparado pelas doutoras Gina Cross e Collette Green. Pouco depois, após Freeman ter sobrevivido aos hostis e severamente danificados laboratórios de estudo da hidrofauna, ele é capturado por dois soldados da HECU. Porém, ao invés de levá-lo a interrogatório, os militares o jogam em um compactador de lixo. Ele escapa por pouco da morte e consegue atravessar as áreas de processamento de resíduos, para finalmente chegar ao Complexo Lambda.
Enquanto Freeman progride na superfície, os Xenianos passam a ter a vantagem no confronto, à medida que os poderosos Alien Grunts e a "força aérea" de Xen (as poderosas arraias voadoras) começam a chegar, derrubando a frota de reforço que trazia o esquadrão de Adrian Shephard. Os soldados da HECU se encontram progressivamente subjugados, e a batalha se torna cada vez mais violenta, com os soldados cometendo erros a cada minuto. Finalmente, o comando decide evacuar as instalações e iniciar reides aéreos. Contudo, a evacuação não é completa, deixando muitos soldados e equipamento para trás. Com a falha da força militar, o Contigente de Operações Secretas (Black Ops) chega, para limpar a bagunça e destruir a base colapsada com um artefato nuclear de alto desempenho.
Pouco depois da evacuação começar e da Black Ops chegar, Freeman consegue acesso ao núcleo do Complexo Lambda e é teleportado a Xen, onde ele mata o líder das forças alienígenas, Nihilanth.
[editar] Os últimos momentos
Tão logo a Black Ops toma conhecimento sobre o que se passava (por exemplo, ao interrogar soldados da HECU), um novo inimigo chega, a Race X (Raça-X). Enquanto isso, um dos sobreviventes da HECU, o Cabo Adrian Shephard, consegue vencer hordas de alienígenas Raça-X, ao tentar escapar da base infestada, testemunhando em primeira mão os resultados dos vários engajamentos entre aliens e militares. Finalmente, ele encontra o pessoal da Black Ops e mata muitos deles, tal como Freeman fez ao encontrar os soldados da HECU.
Andando através das instalações, ele ajuda alguns membros do time de cientistas e alguns colegas soldados, lutando contra alguns esquadrões da Black Ops, que visavam destruir a base com um dispositivo termonuclear Mark IV, capaz de destruir tudo em um raio de 50km, efetivamente pulverizando a base, os soldados remanescentes, membros do time de cientistas, guardas de segurança, Xenianos e os alienígenas Raça-X.
A bomba destruiu a base com êxito, após ser rearmada pelo misterioso G-Man depois do cabo Shephard ter desativado-a.
[editar] Resultado
Os resultados do incidente de Black Mesa foram imensuráveis. A relativamente pequena falha extradimensional causou tempestades de portais por toda a Terra, trazendo ao planeta hordas de seres selvagens de Xen e, mais importante, atraindo o Império Combine, o qual atacou e colonizou a Terra após a Guerra de Sete Horas.
Atualmente, há ao menos dez sobreviventes do incidente, entre eles Dr. Eli Vance e sua filha Alyx, Dr. Wallace Breen, Dr. Isaac Kleiner, Dr. Gordon Freeman, Dr. Rosenberg e seus colegas Walter and Simmons, o guarda de segurança Barney Calhoun, e o cabo Adrian Shephard da HECU. Não se sabe como eles escaparam da base antes da detonação da bomba. Também não se sabe como eles sobreviveram à invasão da Terra pelo Império Combine.
Não se sabe como o Dr. Richard Keller e as doutoras Colette Green e Gina Cross sobreviveram ao incidente, já que Decay não revela o que de fato aconteceu aos três. É bem plausível, se ainda não tivessem morrido ou fugido, que eles tivessem sido mortos pela bomba nuclear no fim de Opposing Force.